Hoạt động của SCB được thực hiện dưới sự kiểm soát của Ngân hàng Nhà nước. Ngân hàng Nhà nước lựa chọn, chỉ định những cán bộ có kinh nghiệm, năng lực, trình độ chuyên môn từ các ngân hàng thương mại nhà nước (Vietcombank, BIDV, Vietinbank, Agribank) tham gia quản trị, điều hành SCB.